با توجه به اهمیت شهر مشهد از نظر سیاسی، اجتماعی، فرهنگی و اقتصادی، و پیچیدگی طبیعی حوضه آبریز مشهد-چناران که تحت تاثیر فعالیتهای انسانی (شهرسازی، کشاورزی، صنایع و…) دچار دگرگونی زیادی شده است، پروژه «مطالعات جامع آب‌زیرزمینی آبخوان آبرفتی مشهد-چناران» با هدف کسب شناخت از این سامانه پیچیده، به منظور کسب اطلاعات لازم برای مدیریت منابع آب در این حوضه آبریز تعریف شده است.
این پروژه دارای بخشهای گوناگونی از جمله مطالعات پایه زمین‌شناسی، هواشناسی، آب سطحی و آب‌زیرزمینی، مطالعات پیشرفته هیدروژئولوژی، هیدروژئوشیمی و ایزوتوپی، مدلسازی و ارائه و تدوین اطلاعات لازم برای مدیریت و چاره‌سازی مسائل مرتبط با منابع آب محدوده مطالعاتی مشهد-چناران می‌باشد.
مرکز پژوهشی آب و محیط زیست شرق با ارائه روش شناسی جدید برای تهیه مدل مفهومی آب زیرزمینی و محاسبات بیلان آب نقش محوری در انجام مطالعات را به عهده دارد.